BIOINFORMATICS: ADO Python


Argomento di questa attivita' ADO e' una breve introduzione pratica all'uso del linguaggio di programmazione Python, con applicazioni in Biologia Molecolare e Genomica.

L'attivita' e' completamente di tipo bioinformatico (in-silico).


Il numero massimo di iscritti e' di 15 studenti e l'attivita' e' prevista, salvo spostamenti per questioni di occupazioni aule, in questi due lezioni:

- 17 Maggio 2024 al pomeriggio, ore 14:00-18:00 (Aula INFO CR07).

- 24 Maggio 2024 al pomeriggio, ore 14:00-18:00 (Aula INFO CR07).



La ADO e' usufruibile solo agli studenti iscritti al terzo anno.

La ADO consiste in un lavoro personale (non a gruppi) dalla durata di circa 8 ore (4+4) al termine del quale ogni partecipante dovrà consegnare su piattaforma DIR un piccolo compito. La partecipazione e' obbligatoriamente in presenza in entrambe le lezioni. In caso di assenza, il punteggio della ADO non verrà segnato in carriera dello studente. La partecipazione a questa ADO assegna 2 CFU.


Ad inizio Maggio 2024 verra' pubblicata in questa sezione un'attivita' da compilare da parte di tutti gli interessati per l'iscrizione. Gli studenti verranno selezionati in base ad una serie di fattori, tra cui:
- voto dell'esame di Biologia Molecolare.
- voto dell'esame di Fisica.
- voto dell'esame di Matematica.
- voto dell'esame di Genetica Umana.
- media complessiva dei voti.
- eventuale colloquio con il docente.


Vista la specificita' dell'argomento, si consiglia l'iscrizione solo a chi e' veramente interessato.


Argomenti trattati:

  • Basi della programmazione
  • Il linguaggio Python e Google Colab
  • Esempi di analisi di sequenze di DNA e amminoacidi al computer
  • Esempi di analisi di gene-espression al computer
  • Esempio di uso di ChatGPT per scrivere script Python


***** UPDATE 28/05/2024: l'attivita' ADO Python 2024 e' conclusa *****













 












 



BIOINFORMATICS: ADO Genome Browser


Argomento di questa attivita' ADO e' un'introduzione teorico e pratica all'uso del Genome Browser UCSC, con applicazione al genoma umano.

L'attivita' e' completamente di tipo bioinformatico (in-silico).


L'attivita' e' prevista, in base al numero di iscritti e salvo spostamenti per questioni di occupazioni aule, in uno di questi turni:

- 9 Maggio 2024 al pomeriggio, ore 14:00-18:00 (Aula CR10 - 70 posti).

- 10 Maggio 2024 al pomeriggio, ore 14:00-18:00 (Aula INFO CR07 - 15 posti).

(Ogni studente partecipa ad uno solo dei due turni, quindi o il 9 Maggio pomeriggio oppure il 10 Maggio pomeriggio).


La ADO consiste in un lavoro personale (non a gruppi) su un proprio computer, dalla durata di circa 4 ore al termine del quale ogni partecipante dovrà consegnare su piattaforma DIR un piccolo compito. La partecipazione e' obbligatoriamente in presenza. In caso di assenza, il punteggio della ADO non verrà segnato in carriera dello studente. La partecipazione a questa ADO assegna 1 CFU.


La ADO e' usufruibile solo agli studenti che abbiano superato con esito positivo l'esame di BIOLOGIA MOLECOLARE. In base al numero di iscritti, gli studenti verranno divisi sui due turni. Il numero massimo di posti disponibili e' di 85, divisi nei due turni indicati. Qualora il numero di richieste di partecipazione fosse superiore a 85, gli studenti verranno selezionati in base al voto di Biologia Molecolare e alla media complessiva dei voti.



Argomenti trattati:
- Struttura del DNA, genoma umano
- Esoni, introni, UTRs, promoter regions
- mRNA, splicing e gene expression
- Sequenza amminoacidica (proteina)
- Struttura 3D proteina
- Fenotipi & diseases

***** UPDATE 13/05/2024: l'attivita' ADO Genome Browser 2024 e' conclusa *****









ADO Annalisa Chiocchetti BT

ADO "Biomedical aspects of aging" (2023-2024)


Aging is an important aspect of human civilizations especially considering the pressure that growing elderly populations are putting on modern societies.

The Visiting Professor Federico Sesti (Rutgers University, USA) will offer a mini-course on aging, whose broad-spectrum topics will make it useful to multiple study courses and programs. The course will be offered to the Master Students in Medical Biotechnology (both 1st and 2nd year) and to Bachelors’ students in Biotechnology (3rd year). The course is open to 70 students that must register to the course home page on DIR.

The course ranges from a brief introduction of the social and economic aspects of aging, to its biology and etiology, to its associated pathologies including clinical and psychological management. The mini-course will explore the following concepts:
-Topic 1: Aging in human culture. Sociology/economics of aging
-Topic 2: Cellular and organismal senescence. Genetics of aging. Metabolism of aging 1: caloric restriction. Metabolism of aging 2: insulin IGF-1-like pathway
-Topic 3: Molecular basis for aging. Telomere shortening. Free radical theory. DNA damage
-Topic 4: neurodegenerative disease. Huntington disease. Alzheimer's disease

 The course starts on March 19th and consists of 4 lectures and 1 seminar, and is structured according to the following calendar:

- Lectures: March 19 (room CR01), 20 (room CR01), 21 (room CR01) and 25 (room CP01)
- Seminar: March 22 (room CS01)

all classes and seminar will be from 2pm to 4pm

2 credits (cfu, ECTS) will be awarded. To obtain them, students must attend at least 50% of lectures and solve the quizzes that will be provided during classes


ADO - Primo approccio al laboratorio (2023-2024)

ADO - Workshop sulla scrittura della tesi: progettazione, ricerca bibliografica e presentazione (2023-2024)

ADO Chimica generale per biotecnologie (2023-2024)