Giovanni Manzini si è Laureato in Matematica presso l'Università di Pisa e ha conseguito il Dottorato di Ricerca in Matematica Applicata presso la Scuola Normale Superiore di Pisa. Ha svolto attività di ricerca all'estero presso il Massachusetts Institute of Technology, la Johns Hopkins University, e la University of Melbourne. Ha pubblicato più di 80 articoli su riviste e conferenze internazionali di Informatica principalmente nel campo dell'Algoritmica.